《变身男女》的故事发生在百年难遇的太阳磁暴即将爆发之际，一场宇宙间激情澎湃的美丽邂逅，将释放出无比巨大的能量。片中的博士希望通过科学来颠覆男女的情感世界，林志颖和姚笛饰演的两人本是天各一方，却在偶然的瞬间遇见彼此，也拉开了人生转折故事的序幕。
紧张就结巴代班主持单民机缘巧合遭遇机灵善变女孩小艾，混乱中触摸到博士的伞，雷击产生的电流瞬间通过两人的身体，成了博士科学的试验品。性别改变，两个人开始面临生活上的改变，开了了一段搞笑、温馨的互换喜剧。两位主创在谈到角色时，不约而同表示：“性别互换改变了原本的生活，从恐慌到学会以对方方式生活，在相处的过程中，也能体会到对方的感受。在现实生活中也一样，很多事情在我们看来是一个角度，偶尔也变换下方式，去体会下对方的感受，相处之道也就不那么复杂了。”
影片主要是讲性别互换，也刚到涉及到现在社会对于男女关系的讨论。在传统文化中，男女关系被定义得异常巧妙，在当今世界，大多数人远离了我们的家庭和血缘，互敬互爱和养家糊口已经远远不够，他们必须互相理解，跨越男女界线去演绎新的角色。生活在一起会遭遇更多的情况，实际上，爱情对不同的人来说是不同的。影片所呈现的是一种对待男女关系的态度，在相互理解的情况下去维护这种关系。关于男女关系的定义，已升为人父的林志颖认为，“男女之间的关系可以是说是一种默契或者可以理解为好感，有了这样的关系会让两个人更加亲密。而究竟谁在这份关系中掌握主动权或是支配权并不重要，两个人在一起开心就好。”